İzole protein, daha saf ve konsantre formda bir protein tozu elde etmek amacıyla whey proteinin daha fazla filtrelenmesi ve iyon değişim yöntemlerinden geçmesiyle elde edilmektedir. Yağ, karbonhidrat, laktoz, şeker gibi bileşenlerden yüksek oranda ayrıştırıldığından dolayı izole protein tozu, çok daha hızlı sindirilir ve yüksek oranda protein içermektedir.